Cependant cette solution n'est pas sans risques selon le géophysicien Gary Shaffer qui a publié une étude sur le sujet le 27 juin : pour ce qui est du stockage sous-marin, une fuite de gaz pourrait provoquer une acidification des océans engendrant de graves problèmes pour la faune et la flore sous-marine, et ce gaz pourrait se retrouver dans l’atmosphère via les courants marins et les tempêtes. De plus le risque de fuite est accentué en cas de tremblement de terre.

L’Agence Internationale de l'Energie vise 100 projets de stockage de CO2 à réaliser d’ici 2020, certains sont déjà en cours en France et ont été validés par l’Ademe.
Pour Greenpeace, le captage et le stockage de CO2 représente "un faux espoir et une excuse pour ne pas abandonner les énergies fossiles".